Modèle de données de séquençage
La Chordoma Foundation a procédé à la caractérisation complète de 21 lignées cellulaires de chordome et de 12 modèles de xénogreffes dérivées de patients (PDX) en utilisant le séquençage de l'exome entier (WES) (100X, 150bp paired-end) et le séquençage du transcriptome entier (WTS) (80M reads, 150bp paired-end). Chaque modèle a subi WTS sur quatre réplicats biologiques (c'est-à-dire des tumeurs PDX distinctes ou une boîte de culture de cellules) à travers au moins deux passages pour tenir compte de la variabilité de l'expression des gènes.
Les données brutes de séquençage peuvent être téléchargées sur Cavatica.
Le résumé des données de séquençage du modèle est disponible sur PedcBioPortal.
Instructions pour accéder aux données brutes de séquençage dans Cavatica
Créez un compte sur Cavatica et demandez l'accès au "Chordoma Foundation Dataset". Une fois l'accès approuvé, localisez les fichiers dans les sous-dossiers 'Model_Data_Batch_1' et 'Model_Data_Batch_2'. Les données RNA-Seq les plus récentes se trouvent dans le dossier 'Model_Data_Batch_2', plus précisément dans le sous-dossier 'source-data'.
Dans la navigation de Cavatica, la colonne "Sample ID" indique le nom du modèle, tandis que "Sample Type" indique soit la lignée cellulaire, soit le PDX. Les fichiers pertinents sont classés sous "Experiment Strategy" comme RNA-Seq. Chaque modèle comprend N=4 fichiers RNA-Seq répliqués biologiquement, avec des fichiers répliqués étiquetés R1, R2, R3, R4, ou occasionnellement D1. Les données relatives aux 21 lignées cellulaires et aux 12 PDX s'étendent sur plusieurs pages.
Voici quelques informations concernant le téléchargement de données en masse à partir de Cavatica.
Si vous avez besoin d'aide pour accéder aux données ou pour naviguer, n'hésitez pas à nous contacter.
Liste des ensembles de données sur les chordomes accessibles au public
Explorez une liste complète d'ensembles de données sur le chordome accessibles au public, comprenant des ressources publiées et non publiées accessibles aux chercheurs et aux cliniciens. Cette feuille de calcul en direct capture un éventail de types de données, y compris l'ARN-seq, la méthylation, le WES et le WGS, fournissant des données précieuses pour soutenir la recherche sur le chordome et améliorer les connaissances.
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