Liste des ensembles de données sur le chordome accessibles au public
Découvrez une liste exhaustive des ensembles de données sur le chordome accessibles au public, comprenant à la fois des ressources publiées et non publiées, à la disposition des chercheurs et des cliniciens. Cette feuille de calcul mise à jour en temps réel rassemble divers types de données, notamment issues du séquençage d'ARN (RNA-seq), de la méthylation, du séquençage de l'exome entier (WES) et du séquençage du génome entier (WGS), fournissant ainsi des informations précieuses pour soutenir la recherche sur le chordome et approfondir les connaissances dans ce domaine.
Données de séquençage du modèle
La Chordoma Foundation a procédé à une caractérisation exhaustive de 21 lignées cellulaires de chordome et de 12 modèles de xénogreffes dérivées de patients (PDX) à l'aide du séquençage de l'exome entier (WES) (100X, paires de séquences de 150 pb) et le séquençage complet du transcriptome (WTS) (80 millions de lectures, paires de séquences de 150 pb). Chaque modèle a fait l’objet d’un WTS sur quatre réplicats biologiques (c’est-à-dire des tumeurs PDX distinctes ou des boîtes de culture de cellules) sur au moins deux passages afin de tenir compte de la variabilité de l’expression des gènes.
Les données brutes de séquençage sont disponibles en téléchargement sur Cavatica.
Les données récapitulatives du séquençage des modèles sont disponibles sur PedcBioPortal.
Instructions pour accéder aux données brutes de séquençage sur Cavatica
Créez un compte sur Cavatica et demandez l’accès au « Chordoma Foundation Dataset ». Une fois l’accès approuvé, localisez les fichiers dans les sous-dossiers « Model_Data_Batch_1 » et « Model_Data_Batch_2 ». Les données RNA-Seq les plus récentes se trouvent dans le dossier « Model_Data_Batch_2 », plus précisément dans le sous-dossier « source-data ».
Dans l’interface de Cavatica, la colonne « Sample ID » correspond au nom du modèle, tandis que « Sample Type » indique s’il s’agit d’une lignée cellulaire ou d’un modèle PDX. Les fichiers concernés sont classés sous « Experiment Strategy » (Stratégie expérimentale) en tant que RNA-Seq. Chaque modèle comprend N = 4 fichiers RNA-Seq de réplicats biologiques, les réplicats étant identifiés par les lettres R1, R2, R3, R4 ou, occasionnellement, D1. Veuillez noter que les données relatives aux 21 lignées cellulaires et aux 12 PDX s’étendent sur plusieurs pages.
Voici quelques informations concernant le téléchargement de données en masse depuis Cavatica.
Si vous avez besoin d’aide pour accéder aux données ou pour vous y retrouver, n’hésitez pas à nous contacter.
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